Музей расположен в старинном здании 1806 года постройки, бывшего музея минералогии графов Разумовских, позже перестроенном в жилой преподавательский дом. В это здание музей въехал в 1985 году после его реконструкции.

Российский государственный аграрный университет – МСХА имени К.А. Тимирязева имеет 155-летнее древо истории. Ещё глубже – в XVI век – уходят корни истории обжитых земель, на которых стоит университет.

На первом этаже музея Вы попадаете в Вводный «Разумовский» зал, где имеются портреты владельцев имения и прилежащих земель, начиная с брата российского царя В.И. Шуйского Андрея Ивановича Шуйского из династии Рюриковичей. Именно с того времени (1584 г.) до нас дошло первое упоминание об этой местности как о пустоши Семчино, лежавшей на берегу реки Жабни – притока реки Лихоборки. (Ныне это берег Нижнего Фермского пруда).

В профессорском зале собрано созвездие учёных – первых профессоров Петровской земледельческой и лесной академии, а позже (с 1894 г.) Московского сельскохозяйственного института.

Зал «Древа истории академии» имени О.Н. Бычковой посвящён одному из самых важных исторических разделов – собственно существованию академии и её главному делу – обучению студентов.

Зал Воинской славы (Военный зал) имени Е.К. Орловой. С экспонатов этого зала начался собственно настоящий музей истории Московской сельскохозяйственной академии.